На протяжении многолетнего периода (с 1929 г.) акватория одного из крупных заливов Онежского озера – Кондопожской губы – испытывает значительную антропогенную нагрузку, вызванную деятельностью Кондопожского ЦБК. В истории функционирования ЦБК выделяется несколько этапов, характеризовавшихся разным объемом и составом сточных вод. В 1980-х годах начался процесс антропогенного эвтрофирования залива в связи с поступлением биогенных элементов, вызванным введением в эксплуатацию станции биологической очистки сточных вод. В последние десятилетия появился новый фактор антропогенной биогенной нагрузки – форелевые хозяйства. Ряд исследований отмечают также потепление климата как условие, влияющее на планктонную систему Онежского озера. Анализ состояния зоопланктона Кондопожской губы выполнен на основании сетных ловов 2019–2021 гг. Пробы отбирали в период максимального развития зоопланкто- на (конец июля – начало августа) на трех станциях: в вершинной части залива, в центральной части и в заливе Большое Онего (в качестве фоновой). Показано, что в планктонных сообществах Кондопожской губы не произошло серьезных изменений по сравнению с их состоянием в конце XX века, однако отмечаются признаки начальных этапов нарушения стабильности планктонной системы. К ним относятся: новый многолетний максимум в обилии зоопланктона вершинной части залива; высокое обилие реликтового рачка Limnocalanus macrurus (Sars, 1863) в центральной части и в заливе Большое Онего; изменения в соотношении близких видов рода Bosmina (Eubosmina) Seligo, 1900 в доминантном комплексе.